振动与噪声：发动机在启停过程中极易引起动力总成共振，从而导致传递到车内的振动加大。研究表明，车型在发动机自动重启时，座椅的振动频率分布在2-4Hz和8-14Hz之内，而人体感知的最敏感震动频率范围是4-8Hz的竖向振动以及1-2Hz的水平振动，这恰好与发动机自动启停时传递到座椅的震动频率范围吻合，这个振动很容易引发乘坐者的烦躁。噪声同样不可忽视，发动机启动时气缸压力波动和发动机转速的急速上升等，都有可能激发整车噪声，而且启动阶段的噪声和振动信号都表现出明显的非稳态特性，通俗来说就是自动启动噪声比怠速噪声更大，噪声对于车内乘员来说体验极其不友好。市场调查显示，发动机重启的噪声是不少消费者选择关掉自动启停的原因之一。
启动延迟：发动机启动时间在0.4秒左右，并且在启动2秒后发动机才会逐渐稳定，也就是说汽车从熄火到启动再到平顺，要等2秒左右。看似2秒时间很短，但研究表明它引起人们反感的排名排在了振动大以及噪声大之前。
空调停止工作：自动启停功能会让车内空调停止工作，这个缺点在夏天尤其明显，一份关于车内热仿真分析的论文表明，经过太阳暴晒后，仪表盘附近区域5分钟就可以从20℃升高到55℃，平均每10秒温度就可以上升1℃，即使等红绿灯短短几十秒车内乘员也可以明显的感觉到温度变化，从而引起不适。
