结果，在阿睦尔撒纳兵败之后，霍集占也逃回了自己的老家叶尔羌。不过，霍集占可是一天也不闲着，他一边招兵买马，一边打探着清军的动向，找准时机，大干一场。第二年，霍集占觉得自己是羽翼渐丰，兵精粮足，便自立为巴图尔汗，他传令各部，厉兵秣马，准备与清军进行生死一战。
可是，他手下的贵族并不忠心，前脚接到命令，后脚就跑到伊犁告诉清军去了。可清军当时正忙着跟跑到哈萨克的阿睦尔撒纳作战，分身乏术，让霍集占有了可乘之机。
这一次，所向披靡的八旗骑兵败了。
乾隆一听这还得了，我堂堂天朝上国，精兵强将，怎么可能被这等蛮夷所打败，这实在是太丢脸了。于是，为了彻底的挣回清军的颜面，取得战争的胜利，乾隆派出最强硬的军队，来剿灭霍集占的叛乱。
清军一路攻城拔寨，捷报频传，霍集占节节败退，惶惶如丧家之犬一般。要说霍集占也是个认死理的人，明明眼看着大势已去，手下无数次劝降，他都当没听见一样。最后，霍集占在一次战役中被擒。至此，清王朝在处理大小和卓之乱中取得了完全的胜利，这霍集占，就是鼎鼎有名的小和卓。
