登基后，朱允炆所颁布的第一道诏书就是："禁止各王回京奔丧。"朱元璋下葬前的事基本已有了脉络，不过，在朱元璋下葬后又出现了许多令人不解的谜团。
南京民间始终流传着一个传说，明代的南京城，内城十三门，外郭有十八门，即所谓的"内十三，外十八"。洪武帝发丧那天，朱允炆在城中摆下"迷魂阵"，准备了十三套棺木，分别由十三道城门离京。这种说法在史书中亦有记载，如《明皇大政记》称"而发引，各门下葬。"
并且，对于此事南京过去有个民谣一直流传至今，那就是："南京有三怪，龙潭的姑娘像老太，萝卜当作小菜卖，十三个城门抬棺材。"看来，这件事并非空穴来风。"十三门出殡，十三处墓地同时下葬"这样让人无法分辨哪一处才是朱元璋的真实墓地所在。
元朝皇帝没有陵寝，所以，搞一出迷魂阵很有必要，但是，朱元璋在临终前早就替自己找好了安眠之所，天下人都知道洪武皇帝死后葬在紫金山，朱允炆有必要自欺欺人吗？原来，紫金山的孝陵只是为了掩人耳目，朱元璋被葬在了朝天宫，"世传'三清殿'下为明祖真葬处"。
