又过了两年，京城之中有人告密，让朱棣得知南京的守卫空虚，就改变了策略，带领大军再次南下，很顺利的就攻占了许多城池。燕军攻占扬州之后，建文帝派人求和，朱棣没有答应朱允炆的求和条件，继续向南京进军。很快就打到了南京城下，谷王朱橞与李景隆在金川门投降了燕王，南京城破，皇宫起了大火，朱允炆自此之后下落不明。
其实，朱允炆在此之前有很多次机会是能够获得胜利的，但是他太过犹豫，白白浪费了大好时机，而且朱元璋还给朱允炆留下了一个神秘的武器，就是在西南镇守的三十万沐家军。沐家军的首领沐英是个孤儿，后被朱元璋收养，认作义子。他从小就跟随在朱元璋的身边，朱元璋将他看做自己的亲生孩子，教他读书写字，还教他如何带兵打仗。
