东林党人素以儒士自居，心高气傲，不畏强权。他们大多是官阶不高的官吏和读书人，想要以儒学思想治世，坚持为生民立命，大胆弹劾朝中权贵，甚至，屡次冒死直谏触怒龙颜。由于，东林党人的主张十分偏激，所以，得罪了其他以权臣为首的政党，双方爆发了激烈的冲突，且隐有愈演愈烈之势。
朱由检虽为一国之间，但是，他被这些文臣们夹在中间十分难受，看着大臣们每天为了一己之私闹得不可开交，没有一个人专心为国理政。随着文臣集团的冲突日益激化，他们的权力随之暴涨，皇权一度受到威胁。朱由检想要下达政策，需要召集群臣共同商讨，然而，文武大臣仍抱着门户之争不能统一意见，使行政效率大幅降低。
可以说，朱由检在位十七年，除了战事之外，大部分精力都用在化解文臣集团争执，做了许多无用功。
北有豺狼，南有虎豹--崇祯眼睁睁地看着大臣们争得头破血流，还得分心顾及战场上的内忧外患。白山黑水之间，后金蓄势待发，满人公然举旗反明，随着几十年的发展已有与明朝分庭抗礼之势。面对北方的威胁，朝廷出现了主战和主和两种呼声。朱由检不甘心与侵略者和谈，便派出主战派大臣袁崇焕主持大局。
