挥师西征，捉拿哱拜，收复宁夏。万历二十年（1592年），原蒙古降将，时任宁夏镇副总兵哱拜鼓动官兵发动暴乱，巡抚党馨、副使石继芳、卫官李承恩等死于乱兵之手，总兵官张继忠无奈自杀身亡，局势因此而失控。此时，哱拜趁机联合蒙古各部发动叛乱，自立为王，出兵攻占中卫、广武、玉泉营、灵武等河西重镇，同时击败明朝各路援军，并扬言要进军关中，攻击西安，明廷为之震动。1592年4月，李如松临危受命，出任讨逆军总官兵，节制辽东、宣府、大同、山西等各路大军，此为"万历三大征"中的第一征，对手为蒙古军。李如松深知哱拜之所以敢如此嚣张，就在于蒙古各部对他的支持，所以解决宁夏问题首先要解决的是依附于叛军的蒙古军，减除其羽翼。因此，李如松率大军抵达宁夏之时，便立刻派遣猛将麻贵出击河套蒙古，将其追至贺兰山，逐出塞外。与此同时，对宁夏采取水攻，下令掘开黄河，淹没城池。1592年9月，宁夏被攻破，哱拜在家中自焚而死，宁夏之役以官军之完胜而告终。
出兵朝鲜，援救平壤，大战丰臣秀吉。1592年4月，丰臣秀吉刚刚完成日本统一不久便派15万大军渡过对马海峡入侵朝鲜，壬辰倭乱由此爆发。当时，朝鲜李氏王朝极为腐败，党争不断，武备松弛，所以日军很快就占领京城、开城、平壤，前锋直抵鸭绿江。1592年7月，祖承训所部辽东铁骑三千人在平壤受到数万日军围攻，伤亡惨重，副将史儒战死，祖承训侥幸死里逃生。1592年12月，万历皇帝任命刚从宁夏战场凯旋归来的李如松为东征提督，节制蓟门、辽东、四川、浙江诸军，主持对日战争，此为"万历三大征"中的第二征。1593年正月，李如松率三万大军抵达平壤城下，对阵丰臣秀吉手下第一名将小西行长，并将其击败。《万历三大征考》记载，平壤之战"斩获倭级一千五百有余，烧死六千有余，出城外落水淹死五千有余"而明军仅损失800人，李如松因此威名远播明日朝三国。平壤被攻克后，李如松乘胜追击日军至汉城，在碧蹄馆与十倍于己的日军精锐展开血战，同时派兵偷袭龙山，烧毁日军粮仓。日军由此大败，被迫求和，历时四个月的壬辰倭乱以明朝的胜利而结束，李如松受封太子太保，中军都督府左都督。
李如松凯旋归来之后，便一直在辽东担任总兵，并时常出击女真、蒙古、土蛮，而且是每战必胜，所向无敌。遗憾的是，正当李如松准备偷袭土蛮之时，李平胡向敌人泄露出兵时间，导致李如松5000千精锐中蒙古率大军埋伏，全军覆没，万历朝的最后一位名将就此陨落。如果李如松不因为叛徒出卖而死，曾经作为李如松家奴的努尔哈赤必然不敢起兵抗明，而是乖乖地为大明王朝守卫辽东。原因有三，其一、他不是李如松的对手，进兵抚顺之时可能就被活捉了。其二、李如松不是李成梁，不会纵容努尔哈赤，若是敢在辽东冒头，随便攻击其他部落打破战略平衡，李如松一定会把他解决掉。其三、李如松不是杨镐，不会犯分兵冒进、向敌人泄露行军时间、不做二手准备之类的低级错误，萨尔浒大战会以明蒙朝联军的胜利而结束，努尔哈赤只能去大兴安岭打猎了！
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