但是当时的漠北蒙古一直视厄鲁特蒙古为异族，不把厄鲁特蒙古看做是真正的蒙古人，而面对噶尔丹的入侵，漠北蒙古宁可投降清帝国也不愿臣服于噶尔丹。
清廷在得知漠北蒙古归降后非常高兴，立即出兵漠北并于乌兰布统击败了正欲南下的噶尔丹，打消了噶尔丹南下进攻中原的念头。
六年后清军又在漠北蒙古的昭莫多重创噶尔丹，经过此番惨败，噶尔丹一蹶不振，在清军的追击下自杀身亡。
不过噶尔丹的死并没有解除清廷的西北边患，他的侄子策妄阿拉布坦继任准噶尔大汗，仍然试图与清廷争夺天下。
在整个康熙年间，清帝国和准噶尔帝国围绕着西藏展开了角逐，虽然清军最终占领了西藏，但准噶尔汗国依然是占据着整个西域。
