隆武政权存在之时，朱元璋的另一个九世孙朱以海又成立了绍兴政权，两个政权分庭抗礼，势同水火。朱聿键死后，一些不愿投降清廷的大臣都投靠了朱以海。1647年，朱以海在长垣誓师，半年时间收复了福建大部分州县，很快清军在福建的统治陷于崩溃边缘。就在明朝复兴的大好形势下，朱以海内部又发生了内讧，断送了中兴的大好时机。
朱聿键
1646年十一月初五，朱聿键之弟朱聿鐭在广州称帝，年号绍武。绍武政权不是把反清当做首要任务，而是为了争夺帝统，和永历政权互相火并，刀兵相见。邵武政权仅仅存在了四十一天就烟消雨散。
1646年十一月十八日，桂王朱由榔在肇庆称帝，改第二年为永历元年。朱由榔依靠李定国、孙可望等人在西南一带抗击清军，因此持续时间较长。永历十五年，清军攻入云南，朱由榔逃到缅甸。后来吴三桂攻入缅甸，缅甸国王将朱由榔交给吴三桂，次年四月吴三桂把朱由榔及其儿子杀死。
