有人认为“帝后尸于火中”也可以理解成仅仅得到了皇后的尸体。而康熙帝年间补纂《明史本纪》称：“棣遣中使出后尸于火，诡言帝尸。”则更为明确地道出当时根本就没有找到建文帝的尸体。且《太宗实录》的可靠性也引起了质疑，因为朱棣就曾经三次修改《太祖实录》，目的就是要美化自己，为自己夺取皇位寻找冠冕堂皇的理由，自然说建文帝是自我了断。
同时，也出现了另外一种说法就出现了，说在朱棣攻破南京那天，建文帝正欲拔刀自刎，被身边人救下，然后从地道或御沟中逃跑了。有人说他由宫中的主录僧溥洽为他削发，假扮成和尚，藏匿于某处寺院了。当然，也有南逃至海外的种种传闻。还有人说郑和之所以下西洋，其主要目的也是为了寻找建文帝的下落。虽然时间在不断推移，但建文帝的下落之谜仍然是史学家孜孜不倦探究的一个话题。
