曹操颁布禁酒令，孔融坚决反对。曹操说饮酒亡国误事，孔融就说酒之为德久矣。搬出一大堆的理由：先哲帝王无一不是因酒而有德，天有酒星，地有酒泉，尧以酒而建太平，孔以酒而为上圣……夏商以妇人失天下，你是不是还要禁止结婚？总之就是不管当时当世，不论事情背景，一如既往地呈口舌之利就是要驳倒曹操。
禁酒之争还不是最主要的，最主要的是孔融觉得曹操要危及汉室、自成王侯，于是又向汉帝上书"宜准古王畿之制，千里寰内，不以封建诸侯。"这时明显就是冲着曹操去的。孔融名重天下，曹操怕孔融的言论散布开对自己不利，于是有了杀孔融之心。
第四，孔融被在一定程度上是自己作死。基本想说什么说什么，有些言论真是惊世骇俗。
孔融和那个击鼓骂曹的祢衡走得很近，两个人都有一个共同点，言行很不附世俗。孔融和祢衡说过一段关于子女与父母关系的话，"父之于子，当有何亲？论其本意，实为情欲发耳。子之于母，亦复奚为？譬如寄物缶中，出则离矣"父亲与子女之间没有什么亲情，因为子女的诞生不过是父亲情欲爆发的结果。母亲和子女之间也没有什么亲情，因为子女在母亲腹中不过像是瓶中寄物，等生出来也就像瓶子里的东西倒出来，两相也就没什么关系了。
孔融是孔子二十世孙，孝悌之道是儒家的重要思想，孔融这种观点真有点给孔子打脸。就算不提家世，这种言论在盛行孝道的东汉也实在是够世人所白眼。单就孔融的言论，放在现在也实在是不太妥当。父母对子女的舐犊之情是人类、甚至是动物的本能，这是子女因为什么原因到世上或是怎么到世上的是两个问题。我个人更愿意理解为孔融并不是真的反对孝道，而是针对东汉末年为了取得察举资格入仕而有意言论过激。但不管什么原因，这也成了后来孔融被构陷而死的一个原因。
最后，在曹操的主使之下"郗虑复构成其罪，遂令丞相军谋祭酒路粹枉状奏融。"于是孔融被下狱弃市。也就是说，孔融以什么罪名死的不重要，"枉状"既是罗织，唯一重要的原因是与阻碍了曹操的政治主张。
