孔融五十六杀时被曹操所杀,并且妻、子皆被诛。曹操杀孔融的原因比较复杂,如下几点:
首先一点,孔融是汉臣,并不以曹操为主公。
官渡之战以前,曹操和袁绍势力都很大,作为北海相的孔融也有自己的小势力。孔融部下劝他依附一方,但孔融觉得"绍、操终图汉室,不欲与同",并且一怒之下杀了这个劝他的部下。也由此可见,孔融对曹操是相当没好感。
后来汉献帝被曹操接到许都,是汉献帝征召孔融去做将作大匠,而不是曹操请孔融去的。于是这时候起,孔融就以兴复汉室为己任,每逢朝议或皇帝垂问总是引经据典,其他公卿不过是挂名而已。