左：利玛窦 右：徐光启
第三次传入：十六世纪（明朝）的耶稣会士利玛窦以一种新的洞识看待基督教与中国文化的关系，他是基督教界第一个提出基督教应该尊儒、补儒和超儒策略的人，他在中国的传教取得了很好的效果，在南京居住期间，利玛窦通过瞿太素的帮助，结交了不少名士，如南京礼部侍郎叶向高、思想家李贽、徐光启等。当然这主要还是人们对于他的自然科学知识的倾慕。值得一提的是，在南京利玛窦还与一位三淮和尚（即大报恩寺僧雪浪）进行了一场辩论，在这次辩论中，利玛窦凭借其科学性的思辨明显占了上风。
之后，利玛窦在北京以丰富东西学识，结交中国的士大夫。常与宾客谈论天主、灵魂、天堂、地狱。同时编撰新书，包括以中文写成的《二十五言》等，得到不少中国知识分子的尊重。到了1605年，北京已有200人信奉天主教，当中有数名更是公卿大臣。这当中最著名的，也是后来影响最大的是进士出身的翰林徐光启（上海现在的徐家汇与其渊源：徐光启曾生活、工作于上海，并在现今的虹桥路一带、蒲汇塘路、肇家浜路、华山路，汇集处还专门建有农庄别业，从事农业科学实验和潜心著书，从此他的后裔长期聚居在这一地区附近，遂有了今日上海“徐家汇”地名的由来。）。
