在也先的带领下，瓦剌逐步走向巅峰，但随着也先的去世，瓦剌在与喀尔喀蒙古的争锋中逐渐败下阵来，西部的草场也被叶尔羌、布哈拉和哈萨克等瓜分。16世纪末，17世纪初，卫拉特蒙古在和硕特和准噶尔部的带领下又开始崛起，巧合的是中亚的火枪也是在这时流入卫拉特蒙古的。
准噶尔是卫拉特四部中发展火器最积极的部族，俄国文献中记载准噶尔的巴图尔珲台吉为了抵抗哈萨克的进攻，多次要求俄国供应枪炮、铅弹和铠甲。火枪的加入让准噶尔部迅速从卫拉特四部中脱颖而出。1677年，巴图尔珲台吉的儿子，也就是制造了"准噶尔之乱"的噶尔丹先控制了和硕特部，后又接受喇嘛教册封，最终成为卫拉特蒙古的统治者。
在清准战争中，电视剧《康熙王朝》和各种史料都夸大了康熙以及清军的胜利。游牧民族居无定所，清军很难将其主力围歼，准噶尔之乱持续七十年，反倒是大清帝国的财政差点被拖垮。
