1408年的时候，黄元寿让自己的妹妹黄元丽镇守渤泥，黄元寿自己率领150多人开启了航程。后来黄元寿到达了明朝，不过这时候的朱元璋已经不在了，接见黄元寿的是明成祖朱棣。看到家乡的变化之后，黄元寿是感慨万千。
朱棣特意下旨令使团进京沿途的每个府县都要设宴招待，可是此时的黄元寿已经经历不了长途跋涉，同年十月，黄元寿病逝，享年六十七岁。黄元寿病逝前，向明成祖朱棣提出了一个非常重要的要求，就是黄元寿想要落叶归根，他想要自己安葬在明朝。
黄元寿病逝后，朱棣允许让其安葬在南京安德门外，并以王礼赐葬。后来渤泥国被册封为明朝的藩属国。渤泥国也就是如今的文莱，文莱王室将黄元寿看成是文莱王室成员之一。现如今文莱已经成为了为亚洲最富有国家，人均GDP已经达到了26939美元，位居世界第26。
