明洪武十四年(1381)推行黄册制度，规定各地每10年编造一次赋役册籍，共4套，其中3套用青色封面(称青册)，由布政司、府(州)、县各存1套;1套用黄色封面(称黄册)上交中央户部。万历三十年(1602)，后湖册库达667间，收贮黄册153万余册，至明代末年黄册多达179万余册，同时藏有全国丈量土地绘制的鱼鳞图册，为中国古代规模最大的档案库。
但是问题来了，这些东西秘藏在其他地方也行呀，为什么非要选择藏在这玄武湖？究其缘由，还是因为这些东西属于纸质的，一旦保存不好就非常容易着火，这些东西一旦损毁那对明政府的损失可是极大的，甚至可以说那是灾难性的毁灭。而玄武湖的蓬莱岛四面环水，就算发生火灾也能立即扑灭，可以说这里是保存黄册的最理想之地。
还有一个很重要的原因就是玄武湖距离皇宫很近，很方便皇帝派兵保护。可以说朱元璋在选择玄武湖作为黄册保存地的时候就下定决心封禁这个地方了，又因为这些档案资料是统治者才能掌控的东西，这也让此地的防御上升到了最高级别，所以朱元璋才严令擅入此地者死。
