强攻失败了，后金兵又躲在加了厚板遮蔽的战车下靠近城墙，想凿洞进城。宁远的城墙本来就修筑得特别厚实坚固，又加上天寒地冻，凿城的进度很慢，但这毕竟是对宁远的一大威胁。袁崇焕又采用了火烧的新法子，来对付凿城的后金兵。他命令将全城贡献的被褥一卷卷扔下城墙，后金兵不知其中厉害，蜂拥而上，你抢我夺。正在这时，明军投下的火把点燃了裹在被褥中的火药，刹时间烧成一片，不少凿城的后金兵葬身火海。
努尔哈赤指挥的后金军队整整攻了三天三夜，除了部下死伤无数，他自己也负了伤之外，宁远城依然固若金汤，巍然屹立。努尔哈赤不得不承认自己无计可施。在凛冽的寒风中，他只有带着残存的兵力撤回沈阳。
宁远战败后，他的身心受到了极大的伤害，整日悒悒不自得。再加上在宁远战事结束后，袁崇焕还曾经派遣使臣带着礼物前往后金营寨向努尔哈赤进行了一次实为讥讽的"致歉"，说"老将横行天下久矣，今日见败于小子，岂其数耶！"
就在同年的八月，抑郁寡欢的努尔哈赤终因痈疽突发离开人世，结束了他的戎马人生，享年68岁。
