（乾隆帝真人画像）
但在当时，清朝摇摇欲坠距离垮台不过35年光景，实在是没有资源花在新疆上。1840年国门大开之后道光帝无力阻挡大清的衰落，1851年咸丰帝接过道光帝的权柄，但他的表现也远不如黑船事件后的日本明治天皇，国内相继爆发起义，北有捻军（1853年--1868年）、南有太平天国（1851年-1864年），咸丰10年（1860）英法联军攻入北京对大清来说又是雪上加霜，第二年咸丰帝就死了，此后年仅6岁的同治皇帝登基称帝，清朝在恭亲王努力下回光返照。
同治3年，太平天国首都破城基本被平息；同治4年，骑兵将军、蒙古王爷僧格林沁兵败被杀，但两年后东捻军被镇压，也正是在这一年大清失去了对新疆的控制；同治7年西捻军也被搞定。同治12年，陕甘回乱大致平定（从同治登基就爆发了，历时11年），第二年同治帝就死了，在之后就是紧张的改朝换代，慈禧太后和恭亲王之间的嫌隙也越来越大，直到光绪2年开始进军新疆之时，清王朝已经连续在内乱中消耗了25年之久，西北、东南一片狼藉、百姓十不存一，尤其是大清朝赋税的主要产地两江地区被破坏的最严重，这也导致清朝拿不出远征新疆的军费。
