后来他把华佗请来给自己治病，却不知什么缘故杀了华佗？很多人从电视或者书中了解到的都是因为曹操心里多疑误会了华佗所以才把他杀了，但真的是这样吗？华佗的医术在今天来看也是非常高超的，很多人都把它说成是神医，就算是今天还有很多人把医术高超的人称为华佗再世。
其实当时曹操被华佗治疗了一段时间后头痛病好了很多，华佗因为一直想要走官路，所以就想趁着给曹操治病能得到一官半职，没想到曹操拒绝了华佗，所以华佗就谎称自己老婆生病回家去了，不管曹操再怎么请他他都不愿意给曹操治病，最后曹操派人直接把华佗押送回来，然后用华佗欺骗自己不听从自己的命令给他判了死刑。华佗被杀的那一年正好是曹操打败袁绍的那一年，所以很多人就猜测华佗被杀是因为曹操想要树立威严杀一儆百，所以华佗有可能是政治的牺牲品。
不过在曹操杀了华佗之后，他也曾经有过后悔的心，在他心爱的儿子快要死亡前，他说过自己非常后悔把华佗给
杀了，还有他每次头疼病犯了的时候，他也非常后悔没把华佗留在身边为自己治病，不过已经被杀了的华佗不可能再复活了，所以说曹操杀了华佗也许不仅仅是因为他疑心中，这背后的原由有很大的考究的。
