在清朝政权稳定之后，便对历代帝王的陵墓都加以保护，而明孝陵便是其中之一。
在众多被保护的帝王陵墓之中，朱元璋的陵墓也得到了格外的照顾，由于明孝陵在汉人心中，有如黄帝陵在华夏人心中的神圣地位一般，成为了汉族心中的精神寄托与祖陵。因此，康熙曾为了缓解民族矛盾，还亲自到明孝陵行大礼以祭祀明太祖。
此外，乾隆也有过如此举动，因此在清朝时明孝陵被保护的很好。
民国时期，孙中山也曾亲自前往明孝陵祭拜太祖朱元璋，且由于朱元璋在汉人心中地位崇高，因此在那个军阀混战，民不聊生的年代里，明孝陵也能够受到很好保护。而侵华日军又太过自大，自以为能够迅速击溃中国，并认为有大量的时间可以盗墓，因此直到日本败逃，明孝陵也没有遭到毒手。
