而在土木堡之变后,兵部尚书于谦开始统率京城防务,抵御蒙古军队入侵。此时,于谦掌管的兵权,不仅是兵部,包括五军都督府的兵权,也被囊括在内。
于谦去世后,兵部的权力,依然没有下降,反而地位开始越发重要。在过去,五军都督府还有掌管武将提拔选任,军队操练的职权。到了明朝中后期开始,各地都司卫所呈送给朝廷的奏报,都是直接跳过五军都督府。
至于操练军队,也不归五军都督府管辖。因为这些权力,都交给巡抚,以及下层军官负责。五军都督府实际被架空了。而这些人也不向五军都督府负责,而是向总督,或者朝廷兵部汇报。所以,到明朝中后期,朝廷实际的最高军事机构,已经成了兵部掌管,而不是五军都督府了。