至于军官的任免、升迁、军令调动等，则交给兵部负责。所以，明朝初年有一句话，叫做"兵部有出兵之令，而无统兵之权，五军有统兵之权，而无出兵之令。"
不过，兵部并没有权责过问五军都督府的事务。否则，视为违制。也就是说，在明朝初期，当时整个国家的最高军事指挥官是五军都督府最高长官左、右都督，以及兵部尚书。
在明朝初年那种崇尚武力的氛围中，五军都督府的最高长官左、右都督，级别都高于兵部尚书。左、右都督的官阶都为正一品，兵部尚书为正二品。
跟兵部以科举选中的人才不同，五军都督府的人选，都是那些功臣宿将。这个做法，有利有弊。功臣宿将大多亲身参与战争，对战争肯定更为熟悉。但是弊端也很明显，就是后继乏人。
不过，在朱元璋后期，明朝兵权曾短暂过渡到各地藩王手中。但是，在建文帝朱允炆登基后，又着手削藩，打压武将地位，提高六部尚书的品级。
