1854年4月，左宗棠应新上任的湖南总督骆秉章的邀请，左宗棠第二次进入总督府做幕僚，这一做便做了六年，左宗棠在做幕僚期间，尽心尽力的帮助骆秉章出谋划策，同时还革除之前的弊政，开源节流，大力筹措军备，1856年，左宗棠因接济曾国藩部的军饷有功，朝廷将左宗棠任命为兵部侍郎。
1862年陕甘陷入战乱，因当时的陕甘总督不能有效的控制叛乱，在这种情况下，朝廷在1866年将左宗棠派往陕甘地区。
最终在1873年彻底平定叛乱，朝廷将左宗棠任命为陕甘总督，并加一等轻车都尉爵位。
1881年左宗棠被朝廷召回京城任军机大臣一职，管理兵部事务，因与同僚不和，加上自身也不习惯在京中任职，于是在这一年的10月，朝廷将左宗棠调往地方任职，1885年7月29日，此时病重的左宗棠向朝廷连上两道奏折，第一个奏折是请求朝廷专门设置海防大臣，第二个奏折请求将福建巡抚改为台湾巡抚，不久后，朝廷专门设立了海军事务衙门，将福建巡抚改为台湾巡抚，左宗棠的请求得以实现，1885年，左宗棠病逝，终年七十三岁。
