其一、历史传说中，燕王朱棣的"名分"和"血统"都不正
作为燕王朱棣，在历史的不少说法中，有说朱棣的名分不正，不是嫡子，非马皇后亲生，另外，血统也不正，朱棣的生母非中原人……尽管后来朱棣在称帝后，一再为自己的身份在历史上给自己"漂白"，马皇后就是自己的生母。而这一因素，确实可以作为朱元璋将朱棣排除在皇位继承人选之外的一个因素，但如果作为最主要的因素，应该还算不上。
其二、朱元璋有意规避"朱家兄弟互相屠戮"的格局出现
那朱元璋主要在顾忌什么呢？其实，朱元璋是想多保全自己几个儿子，更不希望看到因为皇位的问题发生兄弟相残的一幕。
毕竟，在洪武二十四年（1391年），太子朱标病逝；洪武二十八年（1395年），朱元璋第二子"秦王"朱樉意外身故，洪武三十一年（1398年）三月，朱元璋第三子"晋王"朱棡因病而逝。也就是说，在朱元璋还活着的时候，他的三个儿子已是先后离开，这对他来说，应该是痛彻心扉的一件事。
