司马光的《资治通鉴》中一方面对唐朝实录的诸多记载表示怀疑，但另一方面，对于有关唐初的政治内容还是大量参照了唐朝实录。如此一来，实录之后的史书，包括两唐书和《资治通鉴》在内，均没有摆脱实录记载的影响。因此很多史书关于这一事件的记载是不能全部相信的。
更有一些人直接指出，玄武门之变是一场宫廷政变。立长不立贤是古代社会的传统，李建成身为嫡长子，为唐朝的建立立下了汗马功劳，又不见其有失德之事，他继承皇位，本无可争议。李建成本无除掉李世民的想法，而李世民却是蓄谋已久地发动了玄武门之变。
因为如果通过正当途径，他是无法登上皇位的，只能用杀兄戮弟逼父的办法达到个人的目的，按说杀掉李建成自己当上太子，事变应该结束了，但李世民并不满足，杀建成仅仅是第一步，接下来他先把李渊架空，两个月后干脆连皇帝的宝座也抢了过来。至于当时为什么不马上抢皇位，主要是李世民为了避免得到逼父篡位的恶名而已。
不管怎么说，玄武门之变的结果是将一个伟大的政治家推上了历史舞台，而与此同时由于他对修史的诸多干涉及有些人的故意隐晦，使得这一事件也给后人留下了许多难以破解的谜题。
