公元1539年，胡马雍与舍尔汗在乔莎战役决战，最终胡马雍全军覆没，德里被舍尔汗占领，胡马雍流亡波斯。之后，舍尔汗在德里建立了苏尔王朝。
公元1555年，胡马雍向波斯人借兵，并在萨菲波斯的支持下得以复国，但次年死于意外（图书馆失足），其子年仅13岁的阿克巴继位。
胡马雍在波斯流亡十余年的经历，使波斯文明对后来的莫卧儿帝国影响甚大。
公元1556年，阿克巴在拜拉木的辅佐下与苏尔王朝在帕尼帕特决战，这便是印度历史上的第二次帕尼帕特战役。
这一战，结束了阿富汗人与莫卧儿帝国在印度争霸的历史，从此莫卧儿帝国开始成为印度的主宰。
