清廷初复审定：
初审--审判者江宁将军魁玉、漕运总督张之万认为张汶祥的供词尚属可信。奏报清廷说："张汶祥矢口不移其供，只是因私对马心怀愤恨，为同伙报仇，为自己泄愤，无另有主使各情，尚属可信。"并以此拟定罪名结案。复审--清廷不认同魁玉、张之万的 "拟定罪名"，特派曾国藩回任两江总督，同时钦派刑部尚书郑敦谨携带刑部两名郎中赴江宁复审。最后，郑敦谨仍按初审罪名定案，认为张汶祥的供词"尚属可信"。但结案后，郑敦谨并未回京复命，而是上书朝廷请求开缺，不再为官。
案后析理揣测：
其一，供词拷问：
既然是吴炳燮霸占了他的老婆和钱财，为何不找吴炳燮寻仇，而找马新贻这样的朝廷大员下手？海盗们为何不自己杀马新贻，而是积极鼓动张汶祥，难道张汶祥是傻子，不知道刺杀两江总督是多大的罪名，行刺的难度有多大？张汶祥的"小押"被关停，他不寻难关停他"小押"之人，为什么找算马新贻？
