不过很快，李自成又失败了。李自成失败后，太子朱慈烺在乱军中失踪。
关于太子朱慈烺的去向，历史上已无从考证。不过，后来又曾经发生过一北一南两次"假太子案"。
北方的"假太子案"是说，多尔衮曾以"冒充明朝太皇子"为理由，杀掉了一名自称朱慈烺的年轻人。而南方"假太子案"版本也大同小异，有人自称皇太子朱慈烺，结果被南明朝廷识破并抓入监狱。
三皇子朱慈炯也是在李自成兵败后，就不知所踪。
一些史料曾说，他在逃跑后，出家做了和尚，并且民间多次以"朱三太子"的名义，进行起义活动。甚至吴三桂最后造反的时候，也以"朱三太子"为借口。不过这都是一些借口而已，朱慈炯最终到哪里去了，谁也不知道。
