帕米尔是中国西北疆域的一个组成部分，英、俄都在觊觎这块战略要地。光绪十年，中俄签订了《中俄续勘喀什噶尔界约》，确定了两国在帕米尔地区的边界走向，帕米尔西北部被划入俄国版图，乌孜别里山口以南有一块中间地带。
图注：清朝与俄的《中俄续勘喀什噶尔界约》，对帕米尔的划分
1892年，清廷在帕米尔增兵设卡，以加强国防。但俄国却对中国的正当行动横加指责。总理各国事务衙门官员在俄国的压力下，主张妥协。洪钧也持这种论调，在奏折中称增兵设卡是错误的。
同年夏，俄国公然违背《中俄续勘喀什噶尔界约》，入侵帕米尔，强占了萨雷勒岭以西20000多平方公里的中国领土。清廷不得不采取强硬方针。洪钧的态度也有了一些转变，但他反对用兵，力主通过外交途径和平解决。但交涉毫无结果。北京城内，发生帕米尔中俄争界案，洪钧遭到官员们的联名弹劾，谴责洪钧办事软弱，还说他献给朝廷的《中俄界图》帕米尔部分有误，利于俄国。
