于谦为击败也先，对此前未出战的京城卫队及京营三大军残军做了改编，组建团营。团营的组建打乱京营三大军和亲军卫队的原先的编制，而且一改此前明朝军队只能由宦官和武将统管的做法，增设都御使提督各营事务。于谦此举显然是让朝中群臣得以插手军队事宜。在京师保卫战中，于谦指挥得当，明朝击退了蒙古军，取得京师保卫战的胜利，救回朱祁镇。本来应该擅长军事的武将吃了败仗，而不擅长军事的文臣却取得战场上的胜利，这就表明文臣统管军队的做法是可行的。此时，明朝的军权已经转移到了兵部手中，五军都督府军权旁落。明代宗朱祁钰本就是朝中文臣扶起来的皇帝，在面对朝中群臣时表现得比较懦弱，对文臣手中的兵权也置之不理。
景泰八年正月，明英宗朱祁镇在徐有贞、石亨等人的帮助下，成功复位。朱祁镇对文臣集团大开杀戒，杀死于谦、王文等人，并废除团营，恢复京营三大军和亲军卫队。然而朱祁镇却没有重新扶持五军都督府重掌军权，军权仍然掌握在兵部手中，五军都督府名存实亡。
土木堡之役前后的军权变换，其实反映的是明朝文臣与武将两个集团的斗争。朱元璋建立明朝后，曾严禁朝中群臣干涉五军都督府的军权，同样也限制武将干涉朝堂政事。在朱元璋看来，文能治国，武能安邦，文臣武将应各司其职，相互制衡。朱元璋忙于北征，疏于政事处理，又深感丞相权力太大，于是废除丞相，设诸阁大学士，共同参与政事，这也是明朝内阁的雏形。在明仁宗和明宣宗时，内阁的权力得到了较大的发展，文臣地位也得到提升，并开始插手军队事务。土木堡之役后，兵部彻底掌握军权，就意味着文臣从此将压制武将，明朝也开始文臣带兵打仗的先例，武将的地位也越来越低。为更好地控制军队，连武官也由兵部选拔，由文臣担任。当这种文臣武将制衡被打破时，明朝的军队越来越孱弱。到了明朝后期，明朝带兵打仗的将领基本上都是文臣，袁崇焕、孙承宗、孙传庭等名将也都是文臣。明朝军队的孱弱，也只能让明朝屡战屡败，最后也为明朝的灭亡埋下伏笔。
《明史》：内之部科，外之监军、督抚，叠相弹压，五军府如赘疣，弁帅如走卒。总兵官领敕于兵部，皆跽，间为长揖，即谓非礼。至于末季，卫所军士，虽一诸生可役使之。积轻积弱，重以隐占、虚冒诸弊，至举天下之兵，不足以任战守，而明遂亡矣。
