土木堡之役一直被后人视为明朝由强转弱的转折点，之所以这么认为，并不是战败明朝遭受到了多大的损失，而是在于战败之后在于谦的领导之下，明朝的军制发生了变化。
明朝建立时，朱元璋设立了五军都督府，是统领全国军队的最高军事机构，其最高长官为大都督，通常由皇帝的亲信担任。明朝的军队实施的是卫所制，即五军都督府分中军都督府、左军都督府、右军都督府、前军都督府、后军都督府，分管16个都司，下设200多个卫所，每个卫所约5600人。这么算下来全国的卫所兵力可达上百万，这就是朱元璋说的藏兵百万于民。
除此之外，明朝还有守护边境的边军和拱卫京城的禁军。其中京城禁军是大明军队的主力，朱元璋、朱棣多次北征蒙古出动的都是京城禁军。京城禁军又由京城三大营和亲军二十六卫组成。京城三大营即三千营、五军营和神机营，总兵力15到20万。亲军二十六卫由洪武年间初建的上十二卫经过建文、永乐、宣德年间3次扩军而来，每卫兵力约5600人，总兵力约15万。其中，恶名流传后世的锦衣卫也是26卫之一，更是朱元璋建立的上十二卫之一，只是锦衣卫由于其特殊的职能而得到发展壮大，规模也远超5600人的卫队标准。
