在这种关键时刻，乾隆皇帝同时祭出了软硬两手，软的一手是通过漠南蒙古藏传佛教领袖章嘉呼图克图三世通过私人关系游说漠北蒙古的藏传佛教领袖哲布尊丹巴呼图克图，通过宗教力量稳定漠南、漠北蒙古诸王公的情绪，此外动用中央的力量接济外蒙古诸部百姓，在内外蒙古收拢人心；硬的一手则是重点打击青滚杂卜，并宣布对其余蒙古王公"既往不咎"。通过这两手操作，清帝国终于将漠南、漠北蒙古局势稳定下来，平定了青兖杂卜叛乱，并在乾隆二十二年（1757年）春季再次调集兵力向西域发起进攻。此时准噶尔汗国由于连年内乱，加之天花横行，阿睦尔撒纳上位后威望又不足，显然不是清帝国的对手。经过半年作战，阿睦尔撒纳再度败逃，躲进了哈萨克汗国境内。乾隆闻此消息，立即命令清军进攻哈萨克汗国，并措辞强硬地宣布："阿逆一日不获即二年，或十年、二十年，兵断不止。"面对清帝国的强大军事压力，哈萨克王汗阿布赉只得下令抓捕阿睦尔撒纳。所幸阿睦尔撒纳跑路技术一流，在被抓住前跑到了沙俄帝国去了，清军则在向哈萨克汗国索贡后班师。自此，与清帝国交战七十余年的准噶尔汗国被彻底灭亡，只留下了"准噶尔盆地"这样一个地理名词作为这个中亚强权最后的印记。而自那时候起，天山南北的广大区域自唐帝国后被再一次纳入了中原王朝的控制。
平定大小和卓之乱
但是，清帝国对西域的经营远未结束。一方面，对准噶尔汗国故地的实控尚在进行；另一方面，准噶尔汗国灭亡后，被准噶尔汗国圈禁在伊犁的和田等地的宗教领袖被清军放出，其中白山派领袖马罕穆特的长子波罗尼敦和幼子霍集占受清帝国委派，回天山以南统领广大回部。但是这"大小和卓"（"和卓"即波斯语"圣裔"的意思，指大学者）并不甘心只在清帝国治下做一个羁縻封建主，他们刚一返回天山以南就挑动广大的民众发动叛乱，力图在天山南部建立自己的强权。
清兵与大小和卓在伊西洱库尔淖尔交战
