曹操给孔融定的罪名有"招合徒众"，"欲图不轨"、"谤讪朝廷"、"不遵超仪"等。这些罪名里最严重的应该是"欲图不轨"。
当初孔融与曹操的关系还不错，也是经过一段"蜜月期"的。因为他们都有匡扶汉室的共同政治理想。可是没多久，孔融就发现曹操是"挟天子以令天下"，根本不是维护汉室，而是图谋自己的霸业。具有忠君思想的孔融则是始终坚定不移地支持汉室，哪怕汉室已经无药可救。所以两人在政治立场上出现了无法弥补的罅隙。
杀孔融是曹操想而不一定就有机会做的事。所以，必须有一定客观机会或者一些外界因素让他痛下杀心。一旦萌生杀年，那么机会就会不远。这时发生了一件事--曹操根据霸业需要，必须扩大地盘，提出了以魏郡为中心，以冀州为依托，谋求封国建制。孔融"嘴贱"的毛病又来了，他说应当遵照古时京师的体制，在颍川、南阳、陈留、上党三海近郡，不封爵诸侯。这严重阻碍了曹操自立为王的野心，曹操必须铲除孔融这块绊脚石。
在对待刘表问题上，孔融为刘表开脱。刘表不供职贡，多行僭伪，朝中有人主张讨伐，孔融却以为刘表虽然罪大，但考虑到国力，还是不要诛杀。这是为保持刘表势力来与老曹抗衡，曹操怎么会看不出来？
这些事情才是曹操真正要杀孔融的原因，而不是孔融平时对曹操说的那些冷嘲热讽的话。
"生存多所虑，长寝万事毕"（孔融《临终诗》）。孔融的生命停止于五十五岁。可怜他那对不满十岁的小儿女，竟然看透了"覆巢之下无完卵"，安然去赴死。
