成为晋王妃后，萧氏便随杨广前往晋阳赴任。萧氏先后为杨广生下二子一女，分别是长子元德太子杨昭、次子齐王杨暕和南阳公主。
在杨广的夺嫡之路上萧氏表现的也很积极，开皇二十年杨广成为太子后，萧氏顺理成章的成为太子妃。而后杨广登基为帝，萧氏被杨广册封为皇后。对于杨广的执政失德，她多次婉谏无果。宇文化及发动江都之变，隋炀帝遇弑身亡。萧后带领幼孙和皇室诸女，辗转于宇文化及、窦建德之处，跟随义成公主前往东突厥，拥立隋炀帝之孙杨政道为主，定居于定襄。
贞观四年，唐灭东突厥，萧皇后跟随李靖回到长安，被李世民安置在兴道里。在大唐生活17年后，贞观二十一年，萧皇后去世，年81岁。值得一提的是萧皇后的弟弟萧瑀在唐朝做到了宰相的位置，位列唐太宗李世民凌烟阁二十四功臣第九位。
