后来据传说沈万三在致富后把苏州作为重要的经商地，他曾支持过平江（苏州）张士诚的大周政权，张士诚也曾为沈万三树碑立传。明初，朱元璋定都南京，沈万三助筑都城三分之一，朱元璋封了他两个儿子的官；在南京还建造了"廊庑一千六百五十四楹，酒楼四座……"，有了舒适的住宅；但不久，沈万三被朱元璋发配充军，在云南度过了他的余生。但是这中间还有一个插曲就是因为沈万三在帮助朱元璋修了南京城之后，又请求犒赏三军，这可就惹毛了朱元璋，"匹夫敢犒劳天子的军队，绝对的乱民，该杀。"马皇后认为这个沈万三不是什么坏人，怕朱元璋惹众怒，所以就让朱元璋把他流放了！但是在流放以前，朱元璋还是惦记沈万三的财产的，所以就想出了一个点子！
一天，朱元璋借沈万三修筑城墙之事，宴请沈万三，并且要借聚宝盆一看。沈万三不防，就带了聚宝盆去了，席间朱元璋说这个早年间是我不要的，没想到真的有这么大的能量，今天我就亲自试一下，说着就取了一文钱，放在了里面，并且说一个月以后要连本带利全部拿回来。每天翻倍，一个月以后就是一个多亿文钱，沈万三这时候接到了圣旨，皇帝要来拿钱了。并且说了，不够的就用沈万三的家产充之，就这样沈万三直接就破产了！
但是老百姓善良，不太愿意一个财富传奇老死边陲，就编造故事说他在云南得道成仙，康熙年间还有人在到处散播奇遇，说自己在云南见到了长生不死的沈万三。
