清军占领扬州，随后渡过长江，攻克镇江，进逼南京。5月，南明大臣赵之龙、钱谦益等人向清军献出南京城投降。朱由崧出奔芜湖被擒获，押解往北京，弘光政权灭亡。
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这年闰6月，明朝福建巡抚张肯堂、礼部尚书黄道周及南安伯郑芝龙等，在福州拥立朱元璋九世孙、唐王朱聿键称帝，建立了隆武政权。
朱聿键起初还是有所作为的，他即位后便下诏亲征，各地义军纷纷响应抗清。次年7月，清军攻下浙江后继续南下。海匪出身的郑芝龙见势不妙随即北上投降，清军长驱直入福建。朱聿键出奔汀州，被清军追获后绝食殉国，隆武政权灭亡。
福州隆武政权建立的同时，鲁王朱以海在绍兴出任监国，建立政权，控制了浙东绍兴、宁波、温州和台州等地。他们却与福州的隆武政权水火不容，互相倾轧，都想以皇统自居。
