这场大战中，朱允炆受儒学的影响，不愿背上杀叔叔的恶名，下令士兵不许伤害燕王朱棣，这束缚了前线士兵的手脚，使士兵不敢放开手和燕王朱棣厮杀。同时，士兵前线厮杀时，朱允炆还将心思放在和方孝孺等人研究恢复周礼上，以及朱允炆用人不当等，导致前线士兵节节败退，最终燕王朱棣顺利渡过长江，攻破了南京城。朱允炆在皇宫大火中消失，朱棣则做了皇帝。
城破后，方孝孺被朱棣生擒。由于方孝孺名气大，在读书人中的很有影响力，所以朱棣打算借助方孝孺，让天下儒生都归顺于他。朱棣没有杀方孝孺，还打算重用方孝孺，让方孝孺给他写登基诏书。但方孝孺是一个有文气节的文人，他不愿背叛朱允炆，不肯给朱棣写登基诏书，这惹怒了朱棣，他威胁方孝孺道："难道你不怕被诛九族？"方孝孺怼道："诛十族又能如何？"
这让朱棣火冒三丈，随即下令将方孝孺诛十族，除了方孝孺的九族亲属外，还有方孝孺的学生，也遭牵连被杀。方孝孺是明朝的大儒，他的学生很多，所以此次遭牵连被杀的人多达873人。
