1670年（康熙九年），噶尔丹的同父同母哥哥、准噶尔部首领僧格被杀，而僧格的四个儿子尚年幼，其中的大儿子策妄阿拉布坦才十岁多一点，最小的还在襁褓之中，没有办法继承王位。噶尔丹认为这是上天给他的机会，他征得五世达赖的同意后回到部族，率领着一帮西藏喇嘛，经过一番杀戮为他哥哥报了仇，同时成为新的准噶尔部族首领。
噶尔丹得位之初还是很有章法的。他先与最强的邻居俄罗斯紧密勾结，西进灭哈萨克汗国，南下灭叶尔羌汗国，打败西藏的宗主国和硕特汗国，称雄西域。这时五世达赖不失时机地封他为博硕克图汗。 康熙皇帝默认了噶尔丹在准噶尔的地位，但拒绝承认他博硕克图汗的称号。康熙皇帝认为五世达赖的敕封是一种僭越，只是这个时候朝廷正是平定三藩的关键时期，腾不出手来管这个事。
但沙俄却很乐于见到噶尔丹找清廷的麻烦。1688年（康熙二十八年），噶尔丹在沙俄的支持下，率大军越过杭爱山，进攻喀尔喀土谢图汗部。这是准噶尔与清朝关系转折的标志。
噶尔丹进攻喀尔喀让清廷无法容忍。因为此时蒙古喀尔喀部正在与沙皇俄国进行雅克萨之战，噶尔丹背后捅刀子，使得清廷在尼布楚谈判中丧失主动，已经出发的谈判团队不得不中途撤回。
