降清后，已名声在外的王辅臣颇受重用，先后在顺治和洪承畴身边担任贴身侍卫，并得到洪保举当上总兵官。
王辅臣是颇为显眼的人物，吴三桂正与西军李定国交战，急缺人才，看上了王辅臣。于是得到顺治批准，授给王辅臣援剿右镇总兵后调拨到自己麾下。
从此，王辅臣就成为吴三桂手下数一数二的勇将，跟随他出征西南，进入缅甸，擒杀了南明末帝朱由榔。
吴三桂对王辅臣也相当重视，视其如同子侄。吴三桂立下大功后得以镇守云南，王辅臣依旧在他账下效力。
此后王辅臣与吴应麒闹出过节，牵扯到吴三桂，被吴训斥，王辅臣心中有气，走京城的路子自请调离，出任平凉提督，从此专镇一方。
