随后，张煌言和各路军队进展都异常顺利，极短时间内攻克了共计四府、三州、二十四县。水陆大军发展到数万人，周围数个省份如湖南、江西、河南和山洞的民心都开始思变，当时清廷深感恐惧，连顺治皇帝都开始考虑御驾亲征。
可是眼看胜利在望之际，郑成功却因为低估南京清军，最终在南京城下大败，再次使得张煌言的后方起火，最终功败垂成！郑成功大军一撤，张煌言缺乏后方支持，陷入清军包围，最终浴血脱逃。
历经此战以后，郑成功已开始有了二心，不再如此忠于大明王室，将主要精力放在了收复台湾身上，并在后来驱除台湾的荷兰殖民者，自己拥兵自重，孤悬岛上。此时，张煌言也对抗清事业开始感到无望。
