不久秦桧二度拜相，并且打压赵鼎，使得赵鼎被罢免，秦桧再度大权独揽。在秦桧独相的三年时间里，宋金两国且战且和。最后，秦桧设计离间张俊和韩世忠、岳飞，又将三人兵权剥夺。最后，为了敲山震虎和向金廷表示忠心，秦桧冒天下之大不韪残忍地杀害岳飞父子。屈辱的绍兴和议在秦桧的''努力''下促成。
赵构得到自己想要的安宁，于是乎放任秦桧在朝堂之上一家独大、为非作歹。期间，秦桧打压异己、贪赃枉法、无恶不作。他大兴文字狱、禁止野史、打压理学。将继子秦熺、孙子秦埙安排要职，就这样宋高宗仍旧不管不顾，甚至在得知秦桧家中修建家庙时，还赏赐秦桧祭器，真是前所未闻。
杀害岳飞后的十三年中，奸相秦桧身体状况虽然每况愈下，但是其权柄更可堪比与赵高之流。一时间，南宋江山究竟姓赵还是姓秦亦未可知。
绍兴二十五年十月二十一日，六十六岁的奸相秦桧已是日薄西山。他死前召集自己的爪牙在府中聚集，意图将宰相之权牢牢地把握在本家，使得秦家世世代代为相、子子孙孙享尽荣华富贵。
