2019年6月21日，根据怀化市委的要求，怀化市纪委监委、市委政法委、市公安局已分别组成专案组对该案进行调查，对历史遗留的相关线索开展排查和深挖。当地还加大宣传力度，进一步发动群众检举揭发杜少平涉黑涉恶线索。新晃县委政法委相关负责人表示，政法机关将进一步加大工作力度，依法依规将这一案件彻查清楚、查办到位。
怀化市、新晃县纪委监委相关负责人表示，纪检监察机关将对杜少平背后的“关系网”和“保护伞”进行深挖，已有初步进展；对于查实的问题，将严格依法依规处置到位，绝不姑息。
怀化市纪委监委有关负责人表示，纪委监委专案组已经调阅了大量公安笔录、卷宗、档案等资料，与数十名有关人员进行了谈话，寻找指向邓世平被害案存在“保护伞”的证据。
全力侦查
2019年6月23日，经公安机关全力开展侦查，社会关注的新晃一中“操场埋尸案”取得突破性进展。“操场埋尸案”发现新线索后，湖南省副省长、公安厅长许显辉高度重视，立即派出刑侦专家组进驻新晃县开展工作，要求“坚决落实中央和省委扫黑除恶工作部署，对涉黑涉恶违法犯罪，不论历时多久，不论涉及到谁，都要深挖细查，除恶务尽，一律依法严惩，决不姑息。要给死者以告慰，给家属以抚慰，切实维护社会公平正义和法治尊严。”
同日，怀化市公安局刑事科学技术研究所经DNA检验鉴定，确认新晃一中操场挖出的尸骸为2003年失踪人员邓世平。至此，邓世平失踪案取得突破性进展，相关多名犯罪嫌疑人已被抓获。在湖南省公安厅组织指挥和怀化市委统一领导下，怀化市纪委监委、市委政法委、市公安局已由主要领导带队，并抽调精干力量加强专案组，加大审讯力度，加快案件侦办，全面收集固定证据，并对杜少平及犯罪团伙背后的“关系网”和“保护伞”进行深挖。
同日，新晃县纪委监委已对新晃一中原校长黄炳松立案审查和监察调查 。黄炳松否认对杜少平杀害邓世平一事知情，但承认在操场建设招投标不规范、预算超标问题上负有责任 。
审查起诉
2019年6月30日，湖南省检察机关根据省检察院的指示，怀化市检察院和新晃县检察院已应要求在第一时间依法派员提前介入案件的侦查工作，了解案情，引导侦查。
2019年10月17日晚，该案已移送检察机关审查起诉。怀化市人民检察院向受害人家属出具的“委托诉讼代理人告知书”显示，该院“已收到新晃侗族自治县公安局移送审查起诉的杜少平、姚才林涉嫌故意杀人罪一案的案件材料。”
