（刘锦棠大军收复新疆进军路线图）
收复新疆之后，伊犁问题又摆在了刘锦棠的面前。阿古柏入侵时，伊犁被俄国趁机侵占。清军收复新疆之后，要求俄国退出伊犁，俄国则企图以武力继续占领伊犁。为此，清廷派出了以曾纪泽为首的代表团，同俄国交涉伊犁问题。刘锦棠积极整军经武，做好武力收复伊犁的准备，为曾纪泽提供了有力的武力后盾。在刘锦棠的支持下，中俄最终签订《伊犁条约》，中方以放弃对特尔果斯河以西领土的要求，换取了俄国放弃伊犁。刘锦棠为争回伊犁又做出了重要的贡献。
新疆平定之后，经济一片残破，百废待兴。为了新疆长治久安，刘锦棠积极上书清廷，主张新疆正式建立行省。光绪十年（1884年），清廷正式下旨，建立新疆省，任命刘锦棠为第一任新疆巡抚。刘锦棠在新疆巡抚任上，一边加强边防，防止白彦虎残部再次窜回，一边又安排官兵帮助各族人民恢复生产，开掘"坎儿井"，恢复灌溉。还在从乌鲁木齐到哈密的大路两边种植了大量杨柳树，为残破的新疆增添了生机。整个新疆的"筹边"事宜，基本都是他在负责。时人杨昌俊曾有一首著名的诗，诗曰："大将筹边尚未还，湖湘子弟满天山。新栽杨柳三千里，引得春风度玉关。"后世之人都以为这首诗写的是左宗棠，其实是个误会。实际上，左宗棠早在光绪七年（1881年）就已经调到了北京军机处，新疆筹边的事宜基本都是刘锦棠在一力承担。更何况左宗棠身为陕甘总督，湘军统帅，称其"大将"是很不恰当的，所以这首诗里的"筹边大将"并不是左宗棠，而显然只能是刘锦棠。
尤其难能可贵的是，刘锦棠不仅是一个杰出的军事家和政治家，而且品格高贵，清正廉洁。
