（穿官服的刘锦棠像）
光绪元年（1875年），刘锦棠的军事生涯开始了新的一页。这一年，左宗棠被任命为督办新疆军务的钦差大臣，开始部署出兵收复新疆。年仅31岁的刘锦棠受到左宗棠的充分信任，担任西征大军的前线总指挥。在左宗棠坐镇后方、主要负责筹措粮饷的情况下，刘锦棠实际上担当起了收复新疆的重任。当时的新疆，正被中亚的浩罕侵略者阿古柏统治着。阿古柏依靠俄国支持，以中亚雇佣军为主要军事力量，对各族人民实行残酷黑暗的统治。西北回乱的核心人物白彦虎在被刘锦棠击败以后，也逃到新疆，与阿古柏勾结到了一起。
（阿古柏率领的中亚雇佣军士兵）
刘锦棠统率大军入疆之后，按照先北后南的总方针，首先进攻北疆诸城。由于统帅英明，官兵骁勇，加上各族人民的支持，清军很快击败北疆的阿古柏军，收复达坂城、吐鲁番、乌鲁木齐等城，北疆宣告光复。阿古柏走投无路，饮药自尽。紧接着，刘锦棠又统率大军南下越过天山，直捣南疆，追击白彦虎残部。南疆各族人民，早已苦于阿古柏的统治，更不堪忍受白彦虎的骚扰，"旦夕望我军如时雨"。清军一到，各族人民纷纷箪食壶浆，迎接大军。刘锦棠连下阿克苏、乌什、喀什、叶尔羌诸城，南疆也宣告光复。白彦虎势穷力孤，只得出逃俄国寻求庇佑。到光绪五年（1879年），浩罕国又派军队入侵南疆，遭到刘锦棠大军的迎头痛击，被斩首二千余人，仓皇逃走。至此，清军终于完全收复新疆，并稳定住了新疆的形势。
