而魏忠贤和他的阉党们为了给进攻东林党找个理由，所以他们打算给梃击案翻案。于是在魏忠贤的主持下，案件的结论通通都来了个180度的大反转：在梃击案中最先查出线索的是刑部主事叫王之寀，最后是这个王之寀被认定是案件幕后主谋，被投入监狱，最后也死在了监狱里，那些附和过他的人也通通受到论处；通过翻案，魏忠贤开始了排除异己的大动作，把有把柄的东林党人杀的杀，抓的抓，在朝野上下掀起了腥风血雨。
东林书院-东林党聚集地
不过，案件也没有到此为止，只要明朝各个派系的斗争还在继续，这起案件就是一件用来攻击对手的好工具。就算是崇祯皇帝死后，在明朝残余势力组建的南明小朝廷里，关于案件的争端还是没有消停，甚至还引发了内讧，让不同派系之间不惜兵戎相见。案件的影响迁延了数十年，直到南明朝廷也覆灭了，这才算给案彻底画上了句号。
党争可以能有千般万般不好。但对于皇帝来说有一个非常大的好处，那就是它保证了皇位的稳定。在明朝二百七十多年历史中，虽然出现过像张居正这样强势的首辅，也出现过魏忠贤这样一手遮天的大宦官，但无论他们有多么不可一世，对皇帝不可能形成真正的威胁，还有许多的派系对他们虎视眈眈。
