其实，他们二人之间的矛盾在"祖宗之法"上面。根据《万历十五年》等相关记载，当时的张居正和海瑞都希望寻找一种合适可靠的方法，来将国家融入到他们所规划的政治规范之中。但是，张居正提出的做法多多少少有一些变法的意思在里面，海瑞则是希望把洪武年间的法律制度重新施行起来。
张居正作为儒家思想中的代表人物，心里还是比较尊重祖上的制度，但是，稽古而不泥。他以干才入主文官系统，尊崇主权，考核吏职，信守赏罚，统一号令。经济上对土地进行彻查，对税赋进行改革，军事上派用戚继光等名将管理边务，开创了"万历新政"的局面。
比如：推行的"考成法"就是在祖宗之法的基础上进行的创新，改革了官僚体制，提高了行政效率，官场风气有了前所未有的改变。而海瑞虽追求考成法，也心系百姓，但不赞成应时权变，见形施宜。他巡抚应天的时候，就锐意兴革，执着"祖宗之法"的形相。
但是，由于其内心迫切急于求成，反而，最终没有什么作为。
