首先是舰体寿命问题,“独立”级濒海战斗舰采用了创新性的全舰铝合金,这使得该舰的寿命相较其他军舰较短。尤其是濒海战斗舰前四艘服役舰艇——“科罗纳多”号(LCS-4)、“沃斯堡”号(LCS-3)、“独立”号(LCS-2)和“自由”号(LCS-1),这四艘实验性质更为浓厚,因此暴露出严重的舰艇剩余寿命不足问题。
其次是动力系统问题,“自由”级濒海战斗舰传动和动力系统一直问题不断。2015年年底,“自由”级濒海战斗舰“密尔沃基”号在其处女航中就因动力系统故障,被拖回基地。2020年11月,装备第二舰队的“自由”级濒海战斗舰“底特律”号也因为传动系统故障被拖回港口。