最大的问题就是粮饷不足。戚家军的基本战术单位是车或队，车和对通过人员编组和武器搭配形成营阵，各营阵间相互配合，千百人列队而前，勇者不得先，怯者不得后，方能以堂堂之阵胜之。道理说来简单，真实实行起来是需要白花花的银子往里砸的。
戚家军是当时装备最精良的一支部队。首先是火器装备率，主要指鸟铳。鸟铳造价昂贵，从原料到工艺，一支完整的鸟铳配套相应的火绳、通条、火药、铅子，总造价在二十两以上，而一个完整的戚家军马营，就装备了1212件火器，占到全营的42%。火器普及率最高的步营，装备了1296件火器，普及率为48%，远远高于同时期的西班牙大方阵的22%。其次是盔甲精良，每人明盔一顶、甲一副，依据兵种不同而分别配套短刀、长枪、狼筅或长牌。
装备精良就意味着高投入。一支普通的戚家军步营，光是军备开支就需要白银至少三十万两，还不算士兵军饷。戚家军开的工资是很高的，一年为十两，十二人小队杀一个倭寇赏银三十两。平时训练的时候，按武艺高低把士兵分为九个等级，升一级赏银一分，升二级赏二分，升三级以上赏三分。如此高的待遇，是明朝后期能负担得起吗？
答案是，不能。1619年，徐光启巡视通州兵营，回来后奏报，军士每月粮饷不过一二石，折合白银一二两，连自己都养活不起，"若食饷一二石，又须日日肄习，必皆化为饿殍矣"。如此低的军饷，不需敌人来攻，只要日日练习，自己饿也饿死了。这还是在天子脚下的通州，更远的辽东边镇，每月多者七八钱，少则四五钱，换成粮食不过数斗。
这就是明朝末年的战备。巧妇难为无米之炊，戚大帅练兵再厉害，也需要足够的粮饷，才能激励士兵舍身敢战。幸运的是，戚大帅生活在政治还不算太腐败的张居正执政时期。即便如此，戚继光也需要向上官张居正谄谀逢迎，结党营私，才能保证他在以文制武的大环境中不受掣肘，充分发挥军事才能。倘若生活在明末，恐怕也难逃卢象升、孙传庭那般下场。
