正当南海的贸易开始扩张时，中国遭遇五胡之乱，导致上百万北方居民大逃亡，迁徙到南方，这也是汉人第一次大规模的移民，给南方带来了中原的文化和制度。
虽然当时中国南方和周边的政治形势是一片混乱，但在海外贸易的发展上，却是稳定又繁荣的一段时期，中国的对外贸易也首次变成以海路为主导，从公元421年到公元589年间，就有来自多个王国的六十四个贸易使团穿过东南亚来到中国。
这时，东南亚长途贸易方向也被改变，马来半岛和扶南之间的航线被放弃，开启了马六甲海峡和越南南部之间的一条公海通道新航线，航线的更改让扶南和林邑不可挽回的开始衰落，但同时也给其他国家创造新的机会。
马六甲海峡航线虽然早有人走过，但第一位记录这条航线的则是佛家弟子法显，所以，这条航线的开辟，很可能是与佛教在东南亚和中国的兴起相关。3世纪的时候，就是商人和佛教徒开辟了海上通道，把佛教传到中国。
