咸丰元年（1851年）3月23日，洪秀全的武宣东乡登极，对外称天王，定号太平天国，封杨秀清为左辅正军师，领中军主将；萧朝贵为右弼又正军师，领前军主将；冯云山为前导副军师，领后军主将；韦昌辉为后护又副军师，领右军主将；石达开左军主将。
杨秀清
冯云山此前设计"军师负责制"政体原本是给自己留的军师之位，却没有料到杨秀清假借"天父临凡"取得代天父传言的特权而跻身天国领导层，又以卓越的军事才能受到天国上下的一致拥戴，成为仅次于洪秀全的第二把手。萧朝贵则以"天兄临凡"和"帝婿（娶天父之女洪宣娇）"的双重特权坐了第三把交椅。
冯云山本来打算让自己当这个军师，结果让杨秀清抢走了，自己心里的郁闷可想而知，还好冯云山性格比较大度不和别人怎么争。但是任何人都有权力欲望，谁都想掌实权，所以这种体制在这个集体中必然要发生矛盾，如果冯云山活到咸丰六年（1856年）天京事变，恐怕太平军的力量损失将更加严重。不过话说回来，这种方式对太平天国也是有好处的，因为在前期，洪秀全不是什么都不管，也管一些事情。不过他的理政水平实在有限，如果把一切政务全交给洪秀全，太平军能不能攻下南京都是个问题。到后来，天京事变之后，洪秀全独掌大权，但是没想到在他掌权的时候太平天国竟然是每况愈下，虽然有人才流失和断层的问题，但是洪秀全的领导能力欠缺无疑是最重要的因素。《李秀成自述》中说他"不问军情，一味靠天，别无多话"此言非虚。
