即使他给了缅甸大王很多金银珠宝，但是却不能阻止缅甸王室的内部斗争，缅甸大王的弟弟篡位后，不仅杀了永历帝身边的侍卫，还将他俘虏，狠狠将他折磨。吴三桂到达缅甸后，永历帝写信祈求吴三桂没有成功，新任缅甸王自知不是吴三桂的对手，便把朱由榔交给了吴三桂。
吴三桂捉到朱由榔后，便把他带到了云南，当时清政府对于朱由榔改如何惩罚产生了争议，当时吴三桂的建议是杀掉，防止日后生出事端，建议将朱由榔处斩，于是吴三桂将朱由榔父子全部绞杀勒死。
当初朱由榔被缅甸王俘虏的时候，在信中恳求放他一条生路，他会服从清朝，没想到吴三桂心特别狠，不仅赶尽杀绝，还毫不留情，完全不念自己曾经是明朝人的身份。朱由榔知道自己难逃一死，在临死前，向吴三桂说出了自己的临终心愿，那就是回到云南，看看祖宗的陵墓。
